Κόβουμε διαγώνια τις μελιτζάνες σε φέτες και τις αφήνουμε σε αλατισμένο νερό για μία ώρα περίπου για να φύγει η πικρή γεύση τους.
Τις βγάζουμε, τις αφήνουμε να στεγνώσουν και τις τηγανίζουμε στο ελαιόλαδο μέχρι να ροδίσουν.
Τις τοποθετούμε σε χαρτοπετσέτες ή απορροφητικό χαρτί κουζίνας για να φύγει το περιττό λάδι.
Κόβουμε τα κρεμμύδια σε μικρά κομματάκια και τα τσιγαρίζουμε σε μικρή ποσότητα λαδιού.
Όταν απορροφήσουν το λάδι, προσθέτουμε ¼ της κούπας νερό και συνεχίζουμε να τα ανακατεύουμε μέχρι να διαλυθούν και ενωθούν μεταξύ τους σε μια ομοιόμορφη μάζα σαν πουρές.
Κόβουμε τις ντομάτες σε λεπτές κάθετες φέτες.
Σε μέτριο πυρίμαχο σκεύος τοποθετούμε τις μελιτζάνες και τις ντομάτες εναλλάξ.
Λιώνουμε το σκόρδο και το πασπαλίζουμε πάνω από το πιάτο.
Προσθέτουμε το λευκό κρασί.
Αλατοπιπερώνουμε και πασπαλίζουμε με το θυμάρι.
Τοποθετούμε τον πουρέ των κρεμμυδιών πάνω από το πιάτο και καλύπτουμε με την τριμμένη παρμεζάνα.
Ψήνουμε το φαγητό σε μέτριο φούρνο στους 190^οC για 30'.